1999 – O regresso à I Divisão Nacional

No dia 2 de maio de 1999, na véspera de completar setenta e cinco anos, o Gil Vicente FC conseguiu, por mérito próprio, a subida à Primeira Divisão. Francisco Magalhães que tinha prometido devolver o clube ao lugar que havia perdido cumpre a promessa embora já não como Presidente da Direção, lugar ocupado por seu irmão João Magalhães, mas como Presidente da Assembleia-Geral.